Das Thomasevangelium ist eine apokryphe Sammlung von 114 Logien (Sprichworten) und kurzen Dialogen. Es enthält Weisheitssprüche und Gleichnisse über das Reich Gottes (Logien 22, 27, 46, 50, 57, 96–99, 107, 109, 113), ferner gibt es Sprüche mit prophetischem Inhalt (Logien 51, 111), Seligpreisungen (Logien 18–19), Klagen (Logion 103), Gesetzesworte (Logien 53, 104) und Regeln für das gemeinsame Leben (Logien 12, 25). Im Thomasevangelium finden sich Übereinstimmungen zu Jesusworten, die im Neuen Testament bekannt sind, aber auch mehrere sonst unbekannte Jesusworte. Einige Textstellen widersprechen dem Christusbild des Neuen Testaments. Der frühestmögliche Zeitpunkt für die Entstehung des Thomasevangeliums ist das Ende des Wirkens Jesu um 30 bzw. 33 n. Chr., der späteste Zeitpunkt liegt kurz vor 200 n. Chr. Der Prolog gibt Didymus Judas Thomas als Autor an. Die synoptischen Evangelien kennen einen Jünger Thomas, der im Johannesevangelium Thomas Didymus genannt wird (21,2). Außerhalb des Neuen Testaments findet sich ein Judas Thomas noch in den apokryphen Thomas Akten aus dem 3. Jahrhundert. Doch fast alle Forscher verwerfen die Angabe der Schrift selbst, dass das Thomasevangelium vom Apostel Thomas geschrieben sei. Da sie nicht vom Jünger Thomas verfasst wurde, diesen aber als Autor angibt, zählt sie zu den Pseudepigrafen. Im Zusammenhang mit der Bibel wird damit die falsche Autorschaft biblischer Texte bezeichnet.
Das Thomasevangelium war lange Zeit verschollen; 1945 fand man in Nag Hammadi in Ägypten 13 Papyrus-Kodizes, darunter (im Codex II, 2) die nahezu vollständige koptische Übersetzung der 114 Aussprüche (Logien), als „Evangelium nach Thomas“ unterschrieben., der späteste Zeitpunkt liegt kurz vor 200 n. Chr.
Im Thomasevangelium wird enthüllt, dass Jesus Maria Magdalena geheiratet und dass die beiden sogar Kinder hatten, die Zwillingssöhne Manasseh und Ephraim. Tatsächlich sind Ephraim und Manasse – die Söhne Josefs also Enkel von Jakob, dem Stammvater der Israeliten in der Bibel (Gen 46, 20: Josef hatte in Ägypten Kinder erhalten, die ihm Asenat, die Tochter Potiferas, des Priesters von On, geboren hatte: Manasse und Efraim.
Das Manuskript, in dem geschrieben steht, dass Manasseh und Ephraim die Söhne von Jesus waren, befand sich lange Zeit im britischen Museum, welches es 1847 von dem ägyptischen St. Macarius Kloster erhalten haben soll. Später hat es die Nationalbibliothek des Vereinigten Königreichs in London, die British Library dem Museum abgekauft. Dort wurde es von dem Historiker Professor Barrie Wilson von der kanadischen York Universität studiert. Wilson hält das Manuskript für ein 1500 Jahre altes Original. Als weiteren Beleg für die im Manuskript erwähnte Vaterschaft von Jesus führt Wilson an, dass es Maria war, die den Körper von Jesus nach der Kreuzigung gewaschen hat. Zur damaligen Zeit war es aber Brauch, dass die Leichname von Männern gewaschen wurden und nicht von Frauen, außer es war die Ehefrau des Verstorbenen. Mit Maria war nicht die Mutter Jesu gemeint, sondern Maria Magdalena. Die Evangelisten erwähnen sie als Begleiterin Jesu und Zeugin seiner Kreuzigung und Auferstehung.
Zwei Jahre nach Wilsons Veröffentlichung präsentierte die Professorin für Frühchristentum und Gnostizismus an der Harvard Universität, Karen Leigh King, ein Papyrusfragment, das sie 2011 von einem Privatsammler erhalten haben will, welches in koptischer Sprache verfasst wurde und laut Radio-Carbon-Untersuchungen zwischen 659 und 859 n. Chr. zu datieren sei. Eine Papyrologin soll die Echtheit von dem knapp viermal acht Zentimeter großen Fragments bestätigt haben. Ein paar Worte und Satzfragmente konnten entziffert und übersetzt werden. Die brisante Aussage auf diesem Stück Pergament lautet: Jesus sagte zu ihnen: Meine Ehefrau…..sie ist fähig, meine Jüngerin zu sein……Lasst die Leute anschwellen (vor Wut)….Was mich betrifft, ich bin auf ihrer Seite um…… Der Vatikan lehnt das Papier ab und hält es für eine Fälschung.