Doch im Alten Testament ist immer nur vom "Schilfmeer" oder allgemein von "Meer" die Rede, nicht vom "Roten Meer. Nur im Neuen Testament wird im Gegensatz zum Alten Testament das "Rote Meer" tatsächlich zweimal direkt genannt, so zum Beispiel in der Apostelgeschichte Kap. 7, Vers 36: Dieser Mose führte sie heraus und tat Wunder und Zeichen in Ägypten, im Roten Meer und in der Wüste vierzig Jahre lang. Eine genaue Lokalisierung des Schilfmeeres ist schwierig, da die verschiedenen Überlieferungen unterschiedliche Regionen nennen und genaue Ortsangaben fehlen. Eine der Überlieferungen geht von einer südlicheren Route der Israeliten aus, zur Wüste Schur, und verbindet das Meerwunder mit den Bitterseen. Nach einer anderen Überlieferung nahmen die Israeliten die kürzere, nördlichere Route über Migdol und in der Nähe des Horuswegs am Mittelmeer entlang. Bei dieser zweiten Variante ist nur sicher, dass die Israeliten nicht die direkte nördliche Route, den Horusweg nach Kanaan nahmen, da dieser zu stark bewacht war. Dies belegt auch Ex 13,17-18: Als der Pharao das Volk ziehen ließ, führte sie Gott nicht den Weg ins Philisterland, obwohl er der kürzere war. Die Leute könnten es sonst, wenn sie Krieg erleben, bereuen und nach Ägypten zurückkehren wollen. So ließ sie Gott einen Umweg machen, der durch die Wüste zum Schilfmeer führte. Geordnet zogen die Israeliten aus Ägypten hinauf. Der Horusweg war die südlich des Sirbonitischen Sees verlaufende Straße von Migdol nach Gaza. Entlang der Straße gab es ein dichtes Netz aus militärischen Stützpunkten, was archäologische Grabungen auch belegen. Die Israeliten umgingen den Horusweg und schlugen einen Weg direkt an der Küste ein. In dessen Verlauf mussten sie eine schmale Landzunge passieren, die zwischen dem Mittelmeer im Norden und dem Sirbonischen See im Süden hindurchläuft. Antike Autoren berichten, dass Flutwellen den Weg über die Landzunge vom Mittelmeer her überspülen konnten. Dies wäre ein Ort, an dem das Schilfmeerwunder gut vorstellbar ist. Die Israeliten reisen von Ramses nach Sukkot und dann nach Etam am Rande der Wüste, angeführt von einer Wolkensäule bei Tag und einer Feuersäule bei Nacht. Dort sagt Gott Moses, er solle umkehren und am Meer in Pi-HaHiroth zwischen Migdol und dem Meer direkt gegenüber dem Baal-Zephon lagern. Pi-Hachirot bedeutet "Mündung des Kanals": Der Kanal war von den Ägyptern als Verteidigung ihrer Grenze angelegt worden, genau da, wo sie nicht durch die Wüste geschützt waren. Pi-Hahiroth lag östlich von Baal Zephon. Im Verlauf des ersten Jahrtausends v. Chr. soll die in Memphis seit dem 13. Jahrhundert v. Chr. bestehende Verehrung des semitischen Wetter- und Himmelsgottes Baal-Zefon auf die am Sirbonischen See auf einer Nehrung liegende Erhebung Kasion erweitert und Baal-Zefon geweiht worden sein, der anschließend im östlichen Nildelta zu einer gewichtigen Gottheit aufstieg, insbesondere in Pelusium. Kasion ist eine auffällige Erhebung von einiger Höhe in der ansonsten flachen Umgebung, nämlich eine (verfestigte) Düne von fast 30 m Höhe in der Mitte der Nehrung östlich von Pelusium zwischen dem Sirbonischen See und dem Mittelmeer. Dort wird Kasion bis heute lokalisiert. Hier hat wahrscheinlich der biblische Name Baal-Zephon seinen Ursprung. Ob ein der Gottheit Baal-Zefon geweihtes Heiligtum tatsächlich auf der Nehrung vorhanden war, bleibt aber unklar, da entsprechende Bodenfunde sowie Ruinen fehlen. Die Existenz eines Heiligtums und einer Stadt wird daher zumindest für Kasion angezweifelt. Einige Kilometer südlich lag der Ort Zafane, heute Tell el-Dafana. In Zafane gab es wahrlich einen Tempel des semitischen Wetter- und Himmelsgottes Baal. Die genaue Lage von Pa-Hahirot bleibt aber unbekannt. Migdol lag am Hauptverkehrsweg von Ägypten über die Sinai-Halbinsel und bis hinauf nach Gaza, am sogenannten Horusweg. Das Wort Migdol bedeutet Turm. Der Ort war eine ägyptische Festung, die die Straße zum Philisterland sichern sollte.

Der Pharao verfolgt die Israeliten mit Streitwagen und erreicht sie in Pi-Hahiroth. Doch die Feuersäule und die Wolke trennen die Israeliten und die Ägypter vorerst noch. Auf Gottes Befehl hielt Mose seinen Stab über das Wasser, und während der ganzen Nacht teilt ein starker Ostwind das Meer. Die Israeliten gingen auf trockenem Land mit einer Wasserwand zu beiden Seiten, jetzt aber gefolgt von der ägyptischen Armee. Sobald die Israeliten das Meer sicher gekreuzt hatten, hob Moses wieder die Arme, das Meer schließt sich und die Ägypter ertranken. In der Bibel, dem Koran und der Thora wird beschrieben, wie Moses von Gott einen starken Ostwind geschickt bekommt, der das Meer teilt und dem jüdischen Volk die Flucht aus Ägypten ermöglicht. Ex 14,21-23:  Mose streckte seine Hand über das Meer aus und der Herr trieb die ganze Nacht das Meer durch einen starken Ostwind fort. Er ließ das Meer austrocknen und das Wasser spaltete sich. Die Israeliten zogen auf trockenem Boden ins Meer hinein, während rechts und links von ihnen das Wasser wie eine Mauer stand. Die Ägypter setzten ihnen nach; alle Pferde des Pharao, seine Streitwagen und Reiter zogen hinter ihnen ins Meer hinein. So eine Teilung des Meeres könnte tatsächlich möglich sein und hält einer wissenschaftlichen Prüfung stand. Ein Phänomen namens "wind setdown" soll dies ermöglichen. Dabei drücken Winde mit einer Geschwindigkeit von etwa 60 Meilen (ca. 97 km) pro Stunde (ca. 97 km/h) das Wasser in eine Richtung, sodass eine Sturmflut entsteht. Auf der anderen Seite - von der der Wind drückt - hingegen verschwindet das Wasser. Zu diesem Ergebnis ist ein Forschungsteam vom Department of Atmospheric and Oceanic Studies der Universität von Colorado gekommen. Sie haben im Rahmen einer größeren Studie über Wasserbewegungen durch Wind versucht herausfinden, ob es im Gebiet um das Rote Meer Stellen gibt, an denen es sich, wie im Buch Exodus beschrieben, teilen ließe. Besonderes Augenmerk schenkten sie einem alten Arm des Nildeltas, dem sogenannten pelusischen Arm, der früher in eine Lagune, den ehemaligen See von Tanis (heute Manzana-See), gemündet hatte. Mithilfe von Satellitenaufnahmen und archäologischen Daten konnten sie verifizieren, dass an der Stelle, an der der Fluss wahrscheinlich in den See gemündet ist, ein Ostwind mit etwa 100 km/h Kilometern pro Stunde binnen zwölf Stunden eine trockene Passage freilegen und so die Teilung herbeigeführt haben könnte. Das Wasser würde einerseits in die Lagune, andererseits zurück in den Fluss gedrängt. Diese etwa vier Kilometer lange und fünf Kilometer breite Furt war der Studie zufolge für rund vier Stunden begehbar. Beim Nachlassen des Sturms konnten die Wassermassen demnach recht abrupt zurückkehrten. Die hebräische Bezeichnung des Meeres an dieser Stelle der Bibel ist "Yam Suf", was wörtlich übersetzt "Schilfmeer" bedeutet. Diese Beschreibung passt genau auf den mit Papyrus bewachsenen See.

Eine andere Erklärungsvariante verweist auf den Sirbonischen See ebenfalls im Nildelta. Der See entstand durch Verfrachtung von Material, das der heute verschwundene Pelusische Arm des Nils mit sich führte. Ein durch die Ablagerungen gebildete langgestreckter Landstreifen schnitt vom Mittelmeer ein Haff (vom tieferen Hauptteil des Meeres getrennter Brackwasserbereich) ab, den Sirbonischen See. Der See versumpfte nach und nach durch Verdunstung und gewann durch aus der Wüste eingewehten Sand das Aussehen festen Landes. Dieser Fließsand konnte Reisende, die sich nicht auskannten, leicht in die Tiefe ziehen. Die griechischen Geschichtsschreiber, Diodor und Strabon, beschrieben die Tücken dieses Gewässers. Dort soll es auch noch bis in die römische Zeit hinein Seebeben gegeben haben, die zeitweise das Wasser im Haff ganz verschwinden ließen. In der Nähe der Mündung des Pelusischen Armes lag die Grenzfestung des Ramses III. (westsemitisch Migdol). Nach der biblischen Überlieferung soll der Weg der Israeliten beim Auszug aus Ägypten an Migdol vorbeigeführt haben (Ex 14,2: Sag den Israeliten, sie sollen umkehren und vor Pi-Hahirot zwischen Migdol und dem Meer ihr Lager aufschlagen. Gegenüber von Baal-Zefon sollt ihr am Meer das Lager aufschlagen.), bevor es zur Rettung am Meer bzw. Schilfmeer kam. Diese Anhaltspunkte erlauben es, das biblische Schilfmeer und Baal-Zefon am Sirbonischen See zu verorten.

Eine ganz andere Erklärung, wo das Schilfmeerwunder stattfand, hat der schwedische Wissenschaftler Dr. Lennart Moller. In Ex 13,17-18 steht geschrieben: Als der Pharao das Volk ziehen ließ, führte sie Gott nicht den Weg ins Philisterland, obwohl er der kürzere war. Denn Gott sagte: Die Leute könnten es sonst, wenn sie Krieg erleben, bereuen und nach Ägypten zurückkehren wollen. So ließ sie Gott einen Umweg machen, der durch die Wüste zum Schilfmeer führte. Die Bibel sagt also, dass die Israeliten zuerst durch eine Wüste gingen und dann das Gewässer erreichten, dass Gott für sie teilen würde. Also suchte er zuerst nach einer Wüste, um die Richtung ihrer Auswanderung bestimmen zu können. Die einzige Wüste, die seiner Meinung nach infrage kommt, ist die Sinai Halbinsel. Im Norden grenzt die Wüste Sinai ans Mittelmeer, im Süden ragt sie in Rote Meer. Sie spaltet das Rote Meer in den Golf von Suez im Westen und in den Golf von Akaba im Osten. Im Süden der Sinai Halbinsel gibt es steile Felskliffs und Canyons mit Schluchten und tief eingeschnittenen Wadis. Für eine Wanderung mit so vielen Menschen wie in der Bibel beschrieben ist diese Region völlig ungeeignet.  Moller hält es daher für wahrscheinlicher, dass die Israeliten zunächst mitten durch die Halbinsel wanderten, dann das Wadi Watir eine enge Schlucht im Sinai, die am Roten Meer mündet, entlanggingen, um schließlich den Golf von Aqaba in der Nähe von Nuweiba zu erreichen. Dr. Lennart Moller geht davon aus, dass die Durchquerung des Roten Meeres dort im Golf von Akaba, bei Nuweiba, stattgefunden hat. Doch im Alten Testament ist immer nur vom "Schilfmeer" oder allgemein von "Meer" die Rede, nicht vom "Roten Meer. Nur im Neuen Testament wird im Gegensatz zum Alten Testament das "Rote Meer" tatsächlich zweimal direkt genannt, so zum Beispiel in der Apostelgeschichte; Kap. 7, Vers 36: Dieser Mose führte sie heraus und tat Wunder und Zeichen in Ägypten, im Roten Meer und in der Wüste vierzig Jahre lang. Die Bibel nennt das Gewässer, das die Israeliten durchquerten „yam Suf“. Yam bedeutet Meer und Suf kann auf verschiedene Weise übersetzt werden. In unterschiedlichen Übersetzungen des Textes wurde "yam suf" entweder als Rotes Meer oder als Schilfmeer interpretiert. In der hebräischen Übersetzung bedeutet yam Suf aber Schilfmeer.