Bei Ausgrabungen in einer antiken Synagoge aus dem 5. Jahrhundert in der archäologischen Stätte Hukkok in Galiläa fanden Forscher der «Universität von South Carolina at Chapel Hill» (UNC) und der «Israelischen Altertumsbehörde» (IAA) ein bemerkenswertes Mosaik. Es zeigt Noahs Arche mit Tier-Paaren, darunter Elefanten, Affen, Schlangen, Bären, Löwen, Kamelen, Schafen und Ziegen. Hukkok war ein altes, jüdisches Dorf, das im biblischen Buch Josua (sechstes Buch des Tanach und des Alten Testaments der christlichen Bibel) erwähnt ist: Jos 19, 32 Das sechste Los entschied darüber, welches Gebiet der Stamm Naftali und seine Sippen bekommen sollten. 33-34 Die Südgrenze begann bei Lakkum am Jordan und verlief westwärts über Jabneel, Adami-Nekeb, Elon-Zaanannim und Helef bis nach Asnot-Tabor. Von dort aus führte sie als Westgrenze nach Hukkok. Weitere Darstellungen von Noahs Arche wurden je in einer Synagoge in Jordanien und der Türkei gefunden.

Ein wichtiges Indiz dafür, dass es die Arche Noah wirklich gegeben hat, findet sich im Evangelium nach Matthäus. Danach hat Jesus von Nazareth folgende Worte gesprochen: Mt 24,38: Wie die Menschen in den Tagen vor der Flut aßen und tranken und heirateten, bis zu dem Tag, an dem Noah in die Arche ging. Auch der Koran (7. Jahrhundert n. Chr.) erzählt die Geschichte der Arche Noah (dieser wird im Koran Nūḥ genannt) in Sure 11, 38: Er verfertigte das Schiff, wobei jedes Mal, wenn eine führende Schar aus seinem Volk an ihm vorbeikam, sie über ihn spotteten. Er sagte: „Wenn ihr über uns spottet, werden auch wir über euch spotten, so wie ihr (jetzt über uns) spottet.

Im Buch Genesis steht geschrieben, dass die Arche 300 Ellen lang, 50 Ellen breit und 30 Ellen hoch war (eine Elle = 44,5 cm). Das bedeutet, die Arche war 133,5 Meter lang, 22,3 Meter breit und 13,4 Meter hoch. Damit war die Arche vergleichbar mit den heutigen Ozeandampfern. Sie war außerdem von innen durch zwei zusätzliche Böden verstärkt, hatte also drei Decks und verfügte dadurch über eine Gesamtbodenfläche von ungefähr 8.900 Quadratmetern. Nach der biblischen Überlieferung strandete die Arche nach dem Rückgang der Flut im Gebirge Ararat an der türkisch-armenischen Grenze: Gen 8,4: Am siebzehnten Tag des siebten Monats setzte die Arche im Gebirge Ararat auf.  Damit kann aus geologischer Sicht aber nicht der Berg Ararat selbst gemeint sein, denn dieser ist über 5.000 Meter hoch. Geologen halten es schlicht für unmöglich, dass der Meeresspiegel durch die Sintflut bis dort hinauf gereicht hätte. "Arche Noah im Gebirge Ararat aufgesetzt" muss zwar nicht heißen, dass die Arche gleich auf 5.000 Metern Höhe gestrandet ist. Sie könnte auch weiter unten gelandet sein, z. B. bei 1.000 oder auch 2.000 Metern. Doch auch diese Annahme wird geologisch bezweifelt. Selbst wenn alles Eis auf der Erde schmelzen würde, hätte das nur einen Anstieg des Meeresspiegels von einigen 10 Metern zur Folge. Während der letzten Eiszeit war viel mehr Eis gebunden und es gab sehr viel mehr Gletscher als heute. Damals war der Meeresspiegel 100 bis 120 Meter tiefer als jetzt. Wenn alles Eis auf einmal schmelzen würde, wäre er vielleicht noch einmal etwa 80 bis 100 Meter höher. Das würde aber immer noch nicht reichen, um die "Arche Noah" am Berg Ararat stranden zu lassen. Doch diese Argumente führen am Thema vorbei, denn laut der Bibel wurde die Sintflut nicht durch eine Eisschmelze verursacht, sondern durch einen 40-tägig andauernden Regen. Das eröffnet ganz andere Möglichkeiten.

1949 wurde während einer US-Air-Force-Luftaufklärungsmission eine ungewöhnliche Anomalie auf dem Ararat-Massiv aufgenommen. Die Fotos zeigen einen mehrere Hundert Meter großen dunklen, bootförmigen Fleck auf der nordwestlichen Ecke des westlichen Plateaus, etwa 2,2 km westlich des 5137 m hohen Gipfels, am Rande eines steilen Abhangs. Die Anomalie wurde aufgrund ihrer Form als Überrest der Arche Noah aus der Bibel interpretiert.  Später wurde ein gemeinsames Forschungsprojekt zwischen Insight Magazine und Space Imaging (jetzt GeoEye) unter Verwendung des IKONOS-Satelliten ins Leben gerufen. IKONOS erfasste die Anomalie auf seiner Jungfernfahrt am 5. August und 13. September 2000 ebenfalls. Der türkische Geologe Murat Avci konnte 2007 aber nachweisen, dass es sich dabei um einen mindestens 5 Millionen Jahre alten Kalksteinblock handelte. Dieser sei von einer oberhalb liegenden Felswand der gleichen mineralogischen Zusammensetzung abgebrochen und die Bergflanke des Ararat hinabgerutscht. Die Felswand - sie liegt 500 Meter höher als die Anomalie - weist gewaltige Narben auf. Von einer dieser Narben sei der Brocken abgerissen und in die Tiefe gerutscht. Eis habe die Oberfläche des Steins dann in seine ungewöhnliche Form geschliffen, sodass er einem Bootsdeck glich. Doch selbst Murat Avci gibt zu, dass für eine vollständige Erklärung weitere Forschung nötig sei.  Im Jahr 2009, machte eine Gruppe von Geologen und Archäologen dann einige bahnbrechende Entdeckungen. Sie behaupteten, auf dem Berg versteinerte Holzfragmente gefunden zu haben. Den Forschern zufolge deutete die Kohlenstoffdatierung dieser versteinerten Holzmaterialien darauf hin, dass sie aus dem Jahr 4.000 v. Chr. stammten, was laut religiösen Berichten mit der Zeitleiste der Arche Noah übereinstimmte. Das Vorhandensein der Überreste stimmt auch mit dem Überschwemmungsmodell überein, das durch wissenschaftliche Beweise gestützt wird, (darunter Eiskerne und Sedimentproben), die die Möglichkeit eines katastrophalen Ereignisses in der Antike weiter bestätigen.

Möglich ist auch eine andere Erklärung der biblischen Beschreibung. Die Bibel verweist nämlich nicht direkt auf den Berg Ararat, sondern spricht als Landeplatz der Arche von einem Gebirge Ararat. Möglich ist, dass mit der Bezeichnung Ararat, das Urartäische Reich auch kurz Urarṭu, welches in assyrischer Keilschrift gleich geschrieben wurde, gemeint war. Urarṭu war ein altorientalisches Reich um den Vansee im heutigen Anatolien. Im Alten Testament begegnet man Urartu als rrt, vokalisiert als Ararat. Das Gebiet von Urartu ist sehr gebirgig. Vielleicht ist die Arche Noah hier irgendwo gelandet.

Der jüdische Geschichtsschreiber Flavius Josephus (geboren 37/38 n. Chr. in Jerusalem) erzählt die Geschichte der Arche Noah aus späterer Perspektive (1. Jahrhundert n. Chr.) und präzisiert die geografischen Angaben. Er verweist auf weitere Quellen, wie den griechischen Geschichtsschreiber Nikolaos von Damaskus (* um 64 v. Chr. in Damaskus) oder den babylonischen Priester Berossos (* um 340 v. Chr.). Letzterer veröffentlichte wohl um 290 v. Chr. eine „Babylonische Geschichte“, bestehend aus drei Büchern, die den Zeitraum von der „Urzeit“ bis zum Tod Alexanders des Großen umfasst. Buch 2 beschreibt die Geschichte der babylonischen Könige vom ersten König Aloros (Alulim) bis zum zehnten König Xisouthros, unter dem die, wie er sagt, erste und große Flut geschehen sei, von der auch Mose berichtete. Sein Bericht über die Sintflut ähnelt den Erzählungen im Epos von Gilgamesch. Josephus erwähnt in seinem Werk Jüdische Altertümer an vier Stellen Überreste der Arche Noah:

• Jüdische Altertümer, Buch 1, 3. Kapitel, Abschnitt 5: Diesen Ort nennen die Armenier Apobaterion, das heißt ›Ort des Ausgangs‹, und man zeigt heute dort noch Reste der Arche.

• Jüdische Altertümer, Buch 1, 3. Kapitel, Abschnitt 6: Es heißt, dass noch jetzt in Armenien auf dem Kordyäergebirge ein Teil jenes Fahrzeuges vorhanden sei, und dass manche Harz davon entnehmen, um sich desselben als Zaubermittel gegen drohende Übel zu bedienen. (Zitat des babylonischen Priesters Berossos)

• Jüdische Altertümer, Buch 1, 3. Kapitel, Abschnitt 6: Oberhalb Minyas in Armenien liegt ein gewaltiger Berg, Baris genannt, auf den viele zur Zeit der großen Flut geflohen sein sollen, wodurch sie gerettet wurden. Einer soll in einer Arche gefahren und auf dem Gipfel des Berges gelandet sein, und es sollen sich lange Zeit Überreste des Schiffsholzes dort erhalten haben.“ (Zitat von Nikolaos von Damaskus)

• Jüdische Altertümer, Buch 20, 2. Kapitel, Abschnitt 2: Diese Gegend [die Landschaft Karrae] ist besonders ergiebig an Amomum, und es befinden sich dort auch noch Überreste der Arche, in welcher Noe der Sintflut entkommen sein soll. Jedem, der sie sehen will, werden die Trümmer noch bis auf den heutigen Tag gezeigt.

Auch das von einem unbekannten Dichter um oder vor 1800 v. Chr. verfasste Atraḫasis-Epos, mit seinem gleichnamigen Helden Atraḫasis, erwähnt die Arche. Nachdem drei Plagen die ungehemmte Vermehrung der Menschheit nicht stoppen konnten, sahen die Götter eine Sintflut als letzte wirkungsvolle Möglichkeit an. Enki, Gott der Menschen, warnte Atraḫasis vor der Katastrophe, sodass dieser mit dem Bau der Arche noch rechtzeitig beginnen konnte.